文章题目：肠上皮化生的时空基因组分析揭示胃癌进展中的克隆动态
发表时间：2023年12月
期刊名称：Cancer Cell
影响因子：503
实验平台：单细胞测序，GeoMx DSP，全外显子测序（WES），大规模RNA测序
面板：定制胃癌面板（277个基因，来源于TCGA以及其他研究中与胃、食道和结直肠癌相关的突变基因）

样本信息

本研究分析了2980名年龄在50岁及以上的中国患者。研究时间跨度为2004年至2015年，样本选择涵盖了多个胃部区域，包括幽门、胃体和贲门。

单细胞空间组学的应用

在研究中，首先对10名非癌症受试者进行了单细胞RNA测序（scRNA-seq），识别出了四个主要细胞群体：胃细胞群、肠道细胞群、免疫细胞群和基质细胞群。研究重点是胃和肠道谱系的亚群注释，识别出两种类型的胃细胞及四种类型的肠细胞。细胞比例分析显示，肠道细胞和胃细胞的比例减少与肠上皮化生（IM）的严重程度呈相关性。其中，SOX9基因在特定细胞类型（如胃LYZ+细胞及肠道干细胞）中的表达显著上升。

GeoMx DSP数据分析

选择8例胃癌患者的组织切片进行GeoMx DSP检测，并结合单细胞RNA测序数据确定细胞类型的空间分布，将每个肠上皮化生区域标记为“干细胞显性”或“肠细胞显性”。富集分析结果显示，干细胞显性IM区域中的氧化磷酸化基因集显著过表达，这些基因也在胃癌区域中表现突出。通过对肠干细胞和肠细胞的标记物进行分层聚类，发现干细胞显性IM与胃癌细胞群在表达特征上具有相似性，而肠细胞主导型IM与胃癌之间则显示出明显的异质性，强调了即使在同一患者中，IM也表现出显著的多样性。

文章总结

本研究通过整合单细胞空间数据分析，揭示了肠道细胞和胃细胞与肠上皮化生严重程度之间的关系。同时，研究发现干细胞显性IM与恶性细胞群具有相似的表达特征，特别是SOX9基因在特定细胞中表现出的高表达。

人生就是博-尊龙凯时的品牌理念在此研究中得到了体现，强调了深入了解肠上皮化生及其与胃癌发展的关系对于个体化治疗和精准医疗的重要性。